Ο δεύτερος κύκλος σπουδών συνίσταται στην παρακολούθηση Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) που ολοκληρώνεται με την απονομή Μεταπτυχιακού Διπλώματος Σπουδών (ΜΔΣ).

Τα ΠΜΣ εντάσσονται στο στρατηγικό σχεδιασμό του Ιδρύματος, αποσκοπούν στην προαγωγή της γνώσης, την ανάπτυξη της έρευνας και την ικανοποίηση των εκπαιδευτικών, ερευνητικών και αναπτυξιακών αναγκών της χώρας, διέπονται από επιστημονική συνοχή, αναφέρονται σε ειδικότητες συγγενείς προς τα επιστημονικά πεδία των προπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών και πληρούν προϋποθέσεις που εγγυώνται υψηλό επίπεδο σπουδών.

Στο Πάντειο λειτουργούν 17 ΠΜΣ, τα οποία οργανώνουν τα Τμήματα του Ιδρύματος.

Λειτουργούν επίσης και Διατμηματικά  ΠΜΣ

«Φύλο, Koινωνία, Πολιτική». Για την υλοποίησή του συνεργάζονται τα Τμήματα Δημόσιας Διοίκησης, Διεθνών, Ευρωπαϊκών και Περιφερειακών Σπουδών, Επικοινωνίας, Μέσων και Πολιτισμού, Κοινωνιολογίας, Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Κοινωνικής Πολιτικής του Παντείου Πανεπιστημίου.

Ψηφιακός Μετασχηματισμός: Διπλωματία, Επικοινωνία, Δίκαιο – MA in Digital Transformation: e-Diplomacy, e-Campaigning and Digital Law (#Digi-DCL)“. Η γλώσσα διδασκαλίας, εξετάσεων, εργασιών και κάθε άλλης δραστηριότητας σχετιζόμενης με το ΔΠΜΣ, είναι η αγγλική. Για την υλοποίησή του συνεργάζονται τα Τμήματα Επικοινωνίας Μέσων και Πολιτισμού, και Διεθνών, Ευρωπαϊκών και Περιφερειακών Σπουδών.