Τα Ερευνητικά Πανεπιστημιακά Ινστιτούτα (Ε.Π.Ι.) έχουν ως αντικείμενο την έρευνα σε μια καθορισμένη περιοχή της επιστήμης ή της τεχνολογίας. Τα Ε.Π.Ι. λειτουργούν στο πλαίσιο ενός ή περισσότερων Τμημάτων του ίδιου ή άλλων Πανεπιστημίων και μπορούν να συνεργάζονται και με φορείς του δημόσιου ή του ιδιωτικού τομέα και με επιστημονικές ενώσεις και συλλόγους της ημεδαπής ή της αλλοδαπής.

Στο Πάντειο Πανεπιστήμιο βρίσκονται σε λειτουργία τρία Ε.Π.Ι. Πρόκειται για το Ινστιτούτο Περιφερειακής Ανάπτυξης (Ι.Π.Α.), το Ινστιτούτο Αστικού Περιβάλλοντος και Ανθρώπινου Δυναμικού (Ι.Α.Π.Α.Δ.) και το Ινστιτούτο Διεθνών Σχέσεων (Ι.ΔΙ.Σ.).

Το Ινστιτούτο Περιφερειακής Ανάπτυξης ιδρύθηκε το 1975 με πρωτοβουλία του Καθηγητή Ιερώνυμου Πίντου. Το 1992 μετατράπηκε αυτοδικαίως σε Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο. Συνδέεται με το Τμήμα Οικονομικής και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Παντείου Πανεπιστημίου και στεγάζεται σε ιδιόκτητο κτίριο. Ο βασικός σκοπός του Ι.Π.Α. είναι η προαγωγή της επιστημονικής έρευνας σε όλους τους τομείς της αναπτυξιακής διαδικασίας. Ο σκοπός αυτός επιτυγχάνεται μέσω της διασύνδεσης των θεμάτων αστικής, τοπικής και περιφερειακής ανάπτυξης με ευρύτερες εθνικές και ευρωπαϊκές διαδικασίες καθώς και μέσω της τακτικής ανταλλαγής ιδεών και εμπειρίας σε διεθνή βάση. Το Ινστιτούτο ασχολείται επίσης με την εξέλιξη της θεωρητικής έρευνας για την αντιμετώπιση σύγχρονων αναπτυξιακών ζητημάτων.

Το Ινστιτούτο Αστικού Περιβάλλοντος και Ανθρώπινου Δυναμικού ιδρύθηκε το 1995 με πρωτοβουλία του Τμήματος Οικονομικής και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Παντείου Πανεπιστημίου και άρχισε να λειτουργεί από το 1999. Το ΙΑΠΑΔ είναι αποτέλεσμα της εξέλιξης του Εργαστηρίου Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριών που ιδρύθηκε το 1989 από το τότε Τμήμα Αστικής και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Παντείου Πανεπιστημίου. Τομείς ανάπτυξης της δραστηριότητας του Ινστιτούτου είναι: οι πολιτικές για το αστικό περιβάλλον, τη χωροταξία – πολεοδομία και το ανθρώπινο δυναμικό, οι οικονομικές διαστάσεις του αστικού περιβάλλοντος, οι βιώσιμες πόλεις, η αγορά ακινήτων, τα οικονομικά του περιβάλλοντος και των φυσικών πόρων, το ζήτημα της περιβαλλοντικά βιώσιμης οικονομικής ανάπτυξης, η διαχείριση των υδάτινων πόρων και οι επιπτώσεις της κλιματικής αλλαγής.

Το Ινστιτούτο Διεθνών Σχέσεων ιδρύθηκε το 1989 με πρωτοβουλία του Καθηγητή Δημήτρη Κώνστα. Ανήκει οργανικά στο Πάντειο Πανεπιστήμιο και συνδέεται με το Τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών, διατηρώντας ευρεία διοικητική και οικονομική αυτονομία. Σκοποί του Ινστιτούτου, μεταξύ άλλων, είναι η μελέτη των θεμάτων της ελληνικής εξωτερικής πολιτικής και η εκπόνηση προτάσεων για τη χάραξη και την άσκησή της, η ανάλυση των διεθνών διεργασιών και εξελίξεων που αναφέρονται στις οικονομικές στρατηγικές και πολιτιστικές σχέσεις της χώρας ή συνδέονται άμεσα ή έμμεσα με τη προάσπιση των συμφερόντων της, η μελέτη των εσωτερικών παραγόντων και διεργασιών (ΜΚΟ, ομάδες συμφερόντων κ.α.) που επιδρούν στη διαμόρφωση της εξωτερικής πολιτικής, η μελέτη των ζητημάτων της ελληνικής Διασποράς, η εξέταση και παρακολούθηση των διμερών και πολυμερών σχέσεων της Ελλάδας με χώρες που εμφανίζουν μείζονα πολιτική, οικονομική και στρατηγική σημασία για τα ελληνικά συμφέροντα, η θεώρηση του ευρωπαϊκού ενοποιητικού εγχειρήματος και η προαγωγή της επιστήμης των διεθνών σχέσεων.