Στο Πανεπιστήμιο λειτουργεί Επιτροπή Ηθικής και Δεοντολογίας της Έρευνας (ΕΗΔΕ) για να παρέχει εγγύηση αξιοπιστίας των ερευνητικών έργων που διεξάγονται στο Ίδρυμα, ελέγχοντας αν ένα ερευνητικό έργο διενεργείται με σεβασμό στην αξία των ανθρώπινων όντων, στην αυτονομία των προσώπων που συμμετέχουν, στην ιδιωτική ζωή και τα προσωπικά τους δεδομένα, καθώς και στο φυσικό και πολιτιστικό περιβάλλον. Επιπλέον, ελέγχει την τήρηση των γενικά παραδεδεγμένων αρχών της ακεραιότητας της έρευνας και των κριτηρίων της ορθής επιστημονικής πρακτικής.

Η ΕΗΔΕ του Ιδρύματος αποτελείται από πέντε (5) τακτικά μέλη, επιστήμονες, με ειδίκευση σε θέματα έρευνας, ηθικής/βιοηθικής και δεοντολογίας της έρευνας και πέντε (5) αναπληρωματικά μέλη, που μπορούν να είναι και ομότιμοι καθηγητές. Η διάρκεια της θητείας των μελών των ΕΗΔΕ είναι τριετής και μπορεί να ανανεωθεί μία (1) μόνο φορά. Τα γνωστικά αντικείμενα των μελών της ΕΗΔΕ εκπροσωπούν, κατά το δυνατόν, τα γνωστικά αντικείμενα των Σχολών του Παντείου Πανεπιστημίου. Δύο τουλάχιστον από τα μέλη πρέπει να είναι πρόσωπα εκτός Παντείου.

Κάθε πρόταση ερευνητικού έργου, που υποβάλλεται για έγκριση από την ΕΗΔΕ, πρέπει απαραιτήτως να περιλαμβάνει ερωτηματολόγιο και συνοπτική έκθεση σχετικά με την καταλληλότητα και συμβατότητα του ερευνητικού έργου με την ισχύουσα νομοθεσία. Στην έκθεση αυτή ο επιστημονικός υπεύθυνος προσδιορίζει αν ο σκοπός και η μεθοδολογία του ερευνητικού έργου συμβιβάζονται με τις αρχές της ηθικής και τη νομοθεσία. Ο Πρόεδρος της ΕΗΔΕ ορίζει για κάθε αίτηση που υποβάλλεται εισηγητή, κατά προτεραιότητα μέλος της ΕΗΔΕ, ανάλογα με το επιστημονικό αντικείμενο του ερευνητικού έργου. Αν το γνωστικό αντικείμενο του έργου δεν μπορεί να καλυφθεί από τα μέλη της ΕΗΔΕ, ορίζεται εξωτερικός εμπειρογνώμονας, ο οποίος γνωμοδοτεί.