Το Πάντειον στοχεύει στη διαρκή αναβάθμιση της στήριξης και της προβολής του ερευνητικού δυναμικού του, μέσω της καλλιέργειας ευνοϊκού περιβάλλοντος και τεχνογνωσίας για έρευνα υψηλής ποιότητας και επιστημονικές διακρίσεις προς όφελος της πανεπιστημιακής κοινότητας και της κοινωνίας ευρύτερα. Η δέσμευση στη διεξαγωγή έρευνας υψηλής ποιότητας έχει ως γνώμονα της προαγωγή της επιστήμης και την κοινωνική προσφορά. Η βελτίωση των επιδόσεων στην παραγωγή και διεθνή απήχηση του ερευνητικού έργου αποτελεί σταθερή στόχευση. Η στρατηγική εξασφάλισης χρηματοδότησης (με έμφαση στα ευρωπαϊκά προγράμματα: Horizon 2020, ERC, Marie Curie, Framework Programs), ο εξορθολογισμός της διαχείρισης των πόρων, η σύναψη στρατηγικών δια-πανεπιστημιακών και δια-κρατικών ερευνητικών συνεργασιών, η στήριξη του έργου των ερευνητικών κέντρων/ινστιτούτων/εργαστηρίων του Ιδρύματος, η συνεργασία με Ερευνητικά Κέντρα της χώρας, η λειτουργία Επιτροπής Δεοντολογίας της Έρευνας, καθώς και η ανάληψη ερευνητικών έργων με κοινωνικό αποτύπωμα είναι κάποιες από τις θεμελιώδεις παραμέτρους της ερευνητικής πολιτικής του Ιδρύματος.