Η εγγραφή των επιτυχόντων πραγματοποιείται στο ανωτέρω διάστημα υποχρεωτικά ηλεκτρονικά, μέσω του Πληροφοριακού Συστήματος Ηλεκτρονικών Εγγραφών 2021.
Οι επιτυχόντες μπορούν να έχουν πρόσβαση στο Πληροφοριακό Σύστημα Ηλεκτρονικές Εγγραφές 2021 του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων στην ηλεκτρονική διεύθυνση https://eregister.it.minedu.gov.gr . Για την είσοδό τους στην ηλεκτρονική εφαρμογή οι υποψήφιοι εισάγουν τον 8ψηψιο κωδικό εξετάσεων υποψηφίου και τον ίδιο κωδικό πρόσβασης (password) που χρησιμοποίησαν για την εισαγωγή τους στην ηλεκτρονική εφαρμογή του Μηχανογραφικού Δελτίου.
Στην περίπτωση που οι επιτυχόντες είχαν εγγραφεί από προηγούμενο έτος σε πρόγραμμα σπουδών α΄ κύκλου Τμήματος ή Σχολής Α.Ε.Ι. ή Α.Ε.Α. της ημεδαπής, είναι υποχρεωμένοι μέσω του ίδιου Πληροφοριακού Συστήματος, να δηλώσουν τη Σχολή ή το Τμήμα, στο οποίο είναι ήδη εγγεγραμμένοι, αιτούμενοι έτσι, ταυτόχρονα τη διαγραφή τους από αυτό, προκειμένου να ολοκληρωθεί η εγγραφή στη νέα Σχολή ή στο νέο Τμήμα επιτυχίας τους. Οι επιτυχόντες που είχαν εγγραφεί από προηγούμενο έτος σε πρόγραμμα σπουδών α΄ κύκλου Τμήματος ή Σχολής Α.Ε.Ι. ή Α.Ε.Α. της ημεδαπής, αλλά έχουν προχωρήσει ήδη στη διαγραφή τους, απευθυνόμενοι κατευθείαν στη Γραμματεία του παλαιού Τμήματος/Σχολής το προηγούμενο διάστημα (πριν την έναρξη της ηλεκτρονικής διαδικασίας), είναι επίσης υποχρεωμένοι να δηλώσουν στο ίδιο σημείο της ηλεκτρονικής εφαρμογής το Τμήμα ή Σχολή της προηγούμενης εγγραφής .
Επισημαίνεται, ότι για πρώτη φορά φέτος, παρέχεται η δυνατότητα αναίρεσης αίτησης εγγραφής που έχει καταχωρισθεί και έχει λάβει αριθμό πρωτοκόλλου. Έτσι στην περίπτωση που κάποιος διαπιστώσει λανθασμένα στοιχεία στην αίτησή του κατόπιν της οριστικής υποβολής της, έχει τη δυνατότητα μέσω του Πληροφοριακού Συστήματος να προχωρήσει σε αναίρεση της λανθασμένης αίτησης και την υποβολή νέας. Για τη διαδικασία της αναίρεσης ο χρήστης χρειάζεται να συμπληρώσει τον8ψηφιο κωδικό υποψηφίου και τον Αρ.Πρωτ. της προς κατάργηση αίτησης.
Από το Υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων ανακοινώνεται επίσης ότι, η εγγραφή των επιτυχόντων με την ειδική κατηγορία των Ελλήνων Πολιτών της Μουσουλμανικής Μειονότητας της Θράκης στις Σχολές και τα Τμήματα της Τριτοβάθμιας Εκπαίδευσης για το Ακαδημαϊκό έτος 2021-2022, πραγματοποιείται μέσω της ίδιας ηλεκτρονικής εφαρμογής και κατά το ίδιο χρονικό διάστημα, δηλαδή από 16 έως και 24 Σεπτεμβρίου 2021. Για την ολοκλήρωση της εγγραφής τους οι εισαχθέντες στην Τριτοβάθμια Εκπαίδευση με την ειδική κατηγορία των Ελλήνων Πολιτών της Μουσουλμανικής Μειονότητας της Θράκης, οφείλουν στο ίδιο διάστημα υποβολής της αίτησης ηλεκτρονικής εγγραφής (16 έως 24/09/2021) να αποστείλουν με ταχυμεταφορά (courier) ή να καταθέσουν αυτοπροσώπως στη Γραμματεία του Τμήματος / Σχολής επιτυχίας τους σχετική βεβαίωση, ότι είναι εγγεγραμμένοι στα δημοτολόγια Δήμου του Νομού Ξάνθης, Ροδόπης ή Έβρου. Αν έχουν μετεγγραφεί σε άλλο Δήμο άλλης περιοχής, τότε πρέπει να αποστείλουν ή να καταθέσουν αυτοπροσώπως όπως παραπάνω, βεβαίωση του συγκεκριμένου Δήμου από την οποία να προκύπτει ότι μετεγγράφηκαν σ΄ αυτόν, από Δήμο των ανωτέρων Νομών.