Η Σύνοδος Πρυτάνεων των Ελληνικών Πανεπιστημίων, όργανο μη θεσμοθετημένο νομοθετικά αλλά καταξιωμένο ως ενιαία έκφραση των Πανεπιστημίων της χώρας, ιδρύθηκε με πρωτοβουλία των ιδίων των Πανεπιστημίων το 1987, οπότε και άρχισε να λειτουργεί ως ένα forum ανταλλαγής απόψεων και ιδεών.

Από το 1990 και εξής, η Σύνοδος, αποκτώντας πιο συγκροτημένο χαρακτήρα και μόνιμη Γραμματεία, άρχισε να διευρύνει το φάσμα των πρωτοβουλιών της, με αποτέλεσμα σήμερα να διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στο χώρο της Ανώτατης Παιδείας.

Σκοπός της Συνόδου είναι o συντονισμός της δραστηριότητας των Πανεπιστημίων και η συλλογική εκπροσώπησή τους για την επίτευξη, μεταξύ άλλων, των εξής στόχων:

• Τη διαμόρφωση θέσεων επί των διαφόρων θεμάτων της εκπαίδευσης και της έρευνας και ιδιαίτερα της πανεπιστημιακής,
• την παροχή συνδρομής στην Πολιτεία για τον σχεδιασμό και την εφαρμογή μέτρων εκπαιδευτικής και ερευνητικής πολιτικής,
• τη με κάθε πρόσφορο μέσο προώθηση των θέσεων της πανεπιστημιακής κοινότητας στην ημεδαπή και την αλλοδαπή,
• την ανάπτυξη συνεργασίας με ανάλογες ενώσεις της αλλοδαπής,
• την προαγωγή των επιδιώξεων και την κατοχύρωση των συμφερόντων των μελών της πανεπιστημιακής κοινότητας,
• την ανάπτυξη πρωτοβουλιών για την αποτελεσματική σύνδεση των Πανεπιστημίων με τον κοινωνικό, πολιτιστικό και οικονομικό περίγυρό τους.

Στη Σύνοδο συμμετέχουν οι εκλεγμένοι Πρυτάνεις και  Αντιπρυτάνεις των Ελληνικών Πανεπιστημίων και οι Πρόεδροι  και Αντιπρόεδροι των  Διοικουσών Επιτροπών των Ελληνικών Πανεπιστημίων. Επίσης καλούνται και συμμετέχουν ως παρατηρητές, εκπρόσωποι των Πανεπιστημίων της Κύπρου.

Για τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας στο τέλος κάθε ακαδημαϊκού έτους εκλέγεται, τριμελές προεδρείο με θητεία ενός ακαδημαϊκού έτους, η αρχή της οποίας συμπίπτει με την έναρξή του. Ο πρόεδρος εναλλάσσεται μεταξύ των τριών μελών του προεδρείου κατά τη διάρκεια της θητείας τους. Το Προεδρείο της Συνόδου των Πρυτάνεων για το ακαδημαϊκό έτος (Σεπτέμβριο 2008 έως Αύγουστο 2009) αποτελείται από τους εξής Πρυτάνεις και Προέδρους Διοικουσών Επιτροπών:

- Καθηγητή Π. Σιαφαρίκα (Πρόεδρο Δ.Ε. Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου)

- Καθηγητή Π. Τσίρη (Πρύτανη Παντείου Πανεπιστημίου)

- Καθηγητή Ι. Γεροθανάση (Πρύτανη Πανεπιστημίου Ιωαννίνων)

Οι αποφάσεις λαμβάνονται από την αυξημένη πλειοψηφία των 4/5 των παρόντων Πανεπιστημίων. Καταγράφεται, όμως, οποιαδήποτε διαφορετική θέση.

Η Σύνοδος έχει 3 τακτικές συναντήσεις, Σεπτέμβριο, Φεβρουάριο και Ιούνιο που πραγματοποιούνται κάθε φορά σε διαφορετικό Πανεπιστήμιο, έτσι ώστε να ενισχύεται και να προβάλλεται κυρίως το έργο των Πανεπιστημίων της περιφέρειας και όσες έκτακτες χρειαστεί, που πραγματοποιούνται στην Αθήνα,  για συγκεκριμένα θέματα, ύστερα από απόφαση του προεδρείου ή πρόταση του 1/3 των μελών της. Μέχρι  σήμερα  έχουν πραγματοποιηθεί 58 τακτικές συναντήσεις. Στο πλαίσιο της Συνόδου εντάσσονται και λειτουργούν η Σύνοδος Προέδρων και Γραμματέων Επιτροπών Ερευνών και η Σύνοδος Γραμματέων Επιτροπών Ερευνών των Ελληνικών Πανεπιστημίων που πραγματοποιούν συναντήσεις πριν από κάθε Σύνοδο Πρυτάνεων.

Η Σύνοδος των Πρυτάνεων των Ελληνικών Πανεπιστημίων είναι μέλος της Ένωσης Ευρωπαϊκών Πανεπιστημίων (European University Association) και συμμετέχει δι' εκπροσώπου της στο συμβούλιο (Council) της E.U.A.  Στο πλαίσιο της ανάπτυξης των διεθνών σχέσεων  των Ελληνικών Πανεπιστημίων έχει διοργανώσει δύο διεθνή συνέδρια και έχει προσκαλέσει σε συνεδριάσεις της,  αντιπροσωπείες Συνόδων Πρυτάνεων  Ευρωπαϊκών χωρών όπως η Γαλλία και η  Γερμανία.